Ash, Pikachu a jeho priatelia sa snažia zastaviť dvojicu zlodejov, ktorí sa skrývajú v kanáloch a uličkách Altomare, starodávneho vodného mesta. K dobrodružstvu sa pripoja aj dvaja noví legendárni Pokémoni, dvojica súrodencov menom Latias a Latios, ktorí slúžia ako strážcovia...
Príbeh chlapca a jeho strýka, ktorý je súkromným detektívom, sa odohráva v ďalekej budúcnosti, kde spoločne žijú ľudia a roboti, nie však v mieri. Mnohí roboti sú nútení obývať vyhradené oblasti a je im prisúdená úloha podradných ľudských sluhov, čo samozrejme...
