Sam Witwicky sa už spamätal z prvého stretnutia s dobrými Autobotmi a zlými Deceptikonmi. Navyše dospel a začal sa pripravovať na opustenie rodného hniezda, naproti búrlivému vysokoškolskému životu. Náladu mu kazí iba fakt, že vzťah s rozkošnou Mikaelou sa premení na chodenie na...
V roku 1961 mimozemský vesmírny koráb prevážajúci vynález z planéty Cybertron stroskotá na odvrátenej strane Mesiaca. Havária je zaznamenaná i prístrojmi v NASA a prezident Kennedy nariaďuje misiu na Mesiac. A tak v roku 1969 posádka Apolla 11 pristane na Mesiaci, a keď sa skončí...