Benátky, 16. storočie. Násilnícky židovský úžerník Shylock je ešte horší ako jeho zlá povesť. Nevynechá žiadnu príležitosť, aby si vychutnal problémy kresťanských šľachticov, ktorých chce zaviesť do svojho domu. Jedného dňa lichvára požiada o pôžičku vážený kupec...
Usvedčený vrah Callum Lynch je nedobrovoľne vyslobodený z cely smrti len preto, aby sa stal súčasťou storočného boja medzi asasínmi, templármi a španielskymi inkvizítormi. Jeho novým väzením sa stáva tajné zariadenie Abstergo vybavené revolučnou technológiou Animus, ktorá...
Príbeh sleduje Charlesa Xaviera a Erika Lensherra ešte predtým, ako prijali mená Profesor X a Magneto. V tom čase bývali veľmi blízkymi priateľmi pracujúcimi na spoločnom projekte – zabrániť spolu s ďalšími mutantmi najhoršej hrozbe, akú kedy ľudstvo poznalo.