Vďaka záhadnej tekutine je možné vytvoriť nové zmutované tvory. Zlý Shredder ich chce použiť proti korytnačkám. Mladý chlapec Keno rozváža pizzu. Pri jednej rozvážke pristihne bandu lupičov, ktorí kradnú tovaru. Keďže dobre ovláda bojové umenia, postaví sa neohrozene proti...
V treťom diele sa korytnačí nindžovia a April vďaka náhodnej kúpe tajomného a čarovného žezla dostanú do stredovekého Japonska. Namiesto nich sa v súčasnosti objavia japonský princ a štvorica samurajských bojovníkov. Lenže žezlo sa stratilo pri prenose, a tak ho musí štvorica...
