Príbeh sa odohráva symbolicky presne 19 rokov po Poslednej krížovej výprave, v dobe rodiacej sa Studenej vojny. Indiana Jones je v ňom profesorom archeológie na prahu dôchodku, ktorý si napriek búrlivej minulosti zo všetkého najviac užíva pokoj a nebezpečne sa začína podobať...
Príbeh sleduje Charlesa Xaviera a Erika Lensherra ešte predtým, ako prijali mená Profesor X a Magneto. V tom čase bývali veľmi blízkymi priateľmi pracujúcimi na spoločnom projekte – zabrániť spolu s ďalšími mutantmi najhoršej hrozbe, akú kedy ľudstvo poznalo.
