V druhom pokračovaní trilógie Matrix Neo spoločne s Morphom a Trinity bojujú proti počítačovým vládcom univerza. Chcú zastaviť zotročenie ľudstva a nemajú inú možnosť ako boj na život a na smrť. Sú nútení preniknúť hlboko do štruktúr Matrixu a v priebehu sedemdesiatich...