Dvadsať rokov po udalostiach Matrix Revolutions žije Neo zdanlivo obyčajný život ako Thomas A. Anderson v San Franciscu, kde mu jeho terapeut predpisuje modré kapsule. Ani on, ani Trinity sa navzájom nespoznávajú. Morpheus mu však ponúkne červenú kapsulu a znovu otvorí jeho myseľ...
Rory a Cobby sú nevšední parťáci: zúfalý otec a bývalý trestanec, ktorí sa spolu dajú na lúpež. Tá však nevyjde podľa plánu a preto sa spoja s nezvyčajným komplicom – Roryho terapeutom – aby oklamali políciu,
