Je 23. storočie a záhadná cudzia mocnosť ohrozuje Zem ničením jej atmosféry a odparovaním vody z oceánov. Kirk a jeho posádka musia cestovať späť do San Franciska do roku 1986 a nájsť podstatu tohto ničenia.
Na zapadnutej planéte Nimbus III, kde sa stretávajú hranice Federácie, klingónskej a romulánskej ríše, na planéte takzvaného galaktického mieru, kde nájdete všetko okrem mieru, sa vynára Vulkánec Sybok a začína stavať svoju galaktickú armádu Svetla, aby naplnil dávne proroctvo....
Khan, geneticky upravený „nadčlovek“ s megalomanským sklonmi, bol po porážke v eugenických vojnách vyhnaný na opustenú planétu Ceti Alpha 5. Prisahal pomstu kapitánovi Kirkovi, ktorého viní za svoje vyhnanstvo ako aj za smrť svojho syna. Keď sa mu po dlhých rokoch naskytne...
Porážka Khana admirálom Kirkom a stvorenie novej planéty Genesis sú len prázdnym víťazstvom. Spock položil svoj život za záchranu posádky a McCoy sa nevysvetliteľne stal choromyseľným. Náhle na Enterprise priletí Sarek, Spockov otec, a odhalí neuveriteľnú vec: McCoy prechováva...
