Dvadsať rokov po udalostiach Matrix Revolutions žije Neo zdanlivo obyčajný život ako Thomas A. Anderson v San Franciscu, kde mu jeho terapeut predpisuje modré kapsule. Ani on, ani Trinity sa navzájom nespoznávajú. Morpheus mu však ponúkne červenú kapsulu a znovu otvorí jeho myseľ...
Ellie Lansingová je rebelujúca tínedžerka, ktorá nikdy nepoznala svojho otca. Hoci túži nájsť a spoznať svoje korene, v rodine sa cíti ako cudzinka. Náhoda ju privedie ku strýkovi Timovi, ktorý ju zamestná v svojom autoservise. Ellie sa dozvie, že strýko spolu s jej otcom Elliotom...
