Píše sa rok 2004, ubehlo 10 rokov od okamihu, čo bola Zem zdevastovaná akousi nákazou. Vládu prevzala všemocná korporácia menom UNITUS a tá striktne oddelila zdravých od nakazených. Tých vyhnala do nehostinných zón, kde žijú v prísnej segregácii. Jediní, ktorí majú dovolené...
Scooby-Doo a jeho partia narazia na starých známych darebákov, ktorí sú trochu nad ich sily, a tak im na pomoc priplachtí sám Temný rytier v maske s plášťom – Batman! Keď ho potom začne trápiť jeden nevyriešený prípad z minulosti a tajomný zločinec v červenom plášti sa...
