V budúcnosti sa emócie považujú za prežitok minulosti a nová ľudská rasa Equals žije v harmónii, pretože city nepozná. V dôsledku epidemického ochorenia sa u niektorých ľudí začnú znova prebúdzať emócie. Infikovaných chorých jedincov spoločnosť odváža kamsi preč a...
Príbeh sleduje Charlesa Xaviera a Erika Lensherra ešte predtým, ako prijali mená Profesor X a Magneto. V tom čase bývali veľmi blízkymi priateľmi pracujúcimi na spoločnom projekte – zabrániť spolu s ďalšími mutantmi najhoršej hrozbe, akú kedy ľudstvo poznalo.