Dvadsať rokov po udalostiach Matrix Revolutions žije Neo zdanlivo obyčajný život ako Thomas A. Anderson v San Franciscu, kde mu jeho terapeut predpisuje modré kapsule. Ani on, ani Trinity sa navzájom nespoznávajú. Morpheus mu však ponúkne červenú kapsulu a znovu otvorí jeho myseľ...
Darren Roanoke, hrajúci za Toronto Maple Leafs, sa rozíde so svojou priateľkou Prudence. Tá začne románik s brankárom druhého finalistu Los Angeles Kings, menom Jacques "Le Coq" Grande. Od tohto okamihu Darren vo farbách Toronta kazí, čo môže. Do deja sa teda dostáva Guru Pitka ako...
Los Angeles, 1991. Po úspešnej misii ostáva policajt Jack Deth (Tim Thomerson) v 20. storočí a navyše sa ožení s Lenou (Helen Hunt). Ale 6 rokov potom čo dostali Whistlera, sa na obzore objavuje nový nepriateľ v podobe jeho brata E.D. Warda (Richard Lynch), ktorý sa opätovne pokúša...
Rok 2247, Angel City. Zločinecký syndikát vedený nebezpečným Whistlerom si vyrábal z psychicky poddajnejších ľudí trancerov - bytosti úplne oddané jeho vôli. Keď sa konečne zdá, že je nadobro porazený, podarí s amu újsť do 20. storočia, kde má šialený plán. Povraždiť...
