Vodca Rakeťákov, Giovanni, konečne dopátral. V odľahlej oblasti regióne Johto našiel Mewtwoa, ktorého sa okamžite snaží odchytiť. Ash a jeho priatelia sú unesení Dominou, novou členkou Rakeťákov, a zároveň sa snažia zachrániť Pikachua, ktorého zase majú Jessie a James....
V obrovskej plážovej sídle sa Pikachu a niektorí z jeho kamarátov rozhodli hrať schovávačku. Pikachu sa preto vydáva hľadať svojich priateľov. Medzitým Larvitar, chorý z toho, že je úplne sám, v hneve kopne do skaly. Skala sa rúti vzduchom - a zasiahne kosačku, zapne ju a odošle...
Ash, Misty a Tracey sa rozhodli zobrať všetkých svojich Pokémonov a vyraziť niekam. Počas spánku Togepi spadne zo strmého kopca a zmizne v diere. Za Togepi sa vyberú Pikachu, Bulbasaur, Squirtle, Marill, Venonat a Psyduck. Skončia na obrovskom strome, kde sa zdá, že v ňom predtým žil...
Ash sa pri páde z neba stretne s mýtickým Pokémonom Volcanionom a oboch spojí záhadná sila! Volcanion pohŕda ľuďmi a snaží sa dostať preč, ale je nútený Asha vláčiť so sebou ako pokračuje záchranná misia. Prichádzajú do mesta koliesok a prevodov, kde skorumpovaný úradník...
Meowth má na starosti tajnú základňu Rakeťákov, tajuplné miesto plné zvláštnych pomôcok a vynálezov. V snahe zapôsobiť na šéfa chce Meowth použiť Dancing PokéBaton - zariadenie, ktoré používateľom umožňuje ovládať Pokémonov, ako sa im zachce - na vytvorenie predstavenia....
