Z americkej vojenskej základne na Filipínách odchádza armádny konvoj. Za volantom jednoho z áut sedí tichý nováčik Joe Armstrong, ktorý vstoupil do služby, aby nemusel do vezenia. Konvoj je prepadnutý povstalcami a jediný Joe, keď uvidí, ako jeden z útočníkov udrie dcéru...
V treťom diele sa korytnačí nindžovia a April vďaka náhodnej kúpe tajomného a čarovného žezla dostanú do stredovekého Japonska. Namiesto nich sa v súčasnosti objavia japonský princ a štvorica samurajských bojovníkov. Lenže žezlo sa stratilo pri prenose, a tak ho musí štvorica...
Vďaka záhadnej tekutine je možné vytvoriť nové zmutované tvory. Zlý Shredder ich chce použiť proti korytnačkám. Mladý chlapec Keno rozváža pizzu. Pri jednej rozvážke pristihne bandu lupičov, ktorí kradnú tovaru. Keďže dobre ovláda bojové umenia, postaví sa neohrozene proti...
