Ash, Pikachu a jeho priatelia sa snažia zastaviť dvojicu zlodejov, ktorí sa skrývajú v kanáloch a uličkách Altomare, starodávneho vodného mesta. K dobrodružstvu sa pripoja aj dvaja noví legendárni Pokémoni, dvojica súrodencov menom Latias a Latios, ktorí slúžia ako strážcovia...
Ash, May, Brock a Max prichádzajú na festival Wishing Star of Seven Nights (Sedem nocí hviezdy želania). Počas toho, ako sa zabávajú, legendárny Pokémon Jirachi zostupuje z nebies a spriatelí sa s Maxom. Jirachi, ktorý má moc splniť akékoľvek želanie, je vyhľadávaný mnohými...
Bratia Pichuovci, ktorí idú domov na vrchu vlaku, sa zrazu ocitnú vo vzduchu! Cestou z vlaku narazili na Wynauta a všetci traja idú do lesa. Keď začne pršať, skupina sa uchýli vo vodného mlynu - ale vodný mlyn sa začne hýbať! Nasledujúce ráno sa celá skupina rozhodne...
