Príbeh začína záhadným zmiznutím špičkového detektíva Harryho Goodmana. Táto udalosť prinúti jeho syna Tima pátrať po tom, čo sa stalo. Pri odhaľovaní záhady mu asistuje detektív Pikachu, otcov parťák, rozkošný a vtipný supersliedič. Novovzniknutá dvojica je ako stvorená...
Ash, Pikachu a pokémonskí kamaráti v lese stretnú Sammyho, ktorý prišiel z minulosti. Sammy chce zachrániť Pokémona Celebiho, Ducha lesa, ktorý uteká pred zlým lovcom Pokémonov. V prítomnosti chce ale Celebiho chytiť ešte nebezpečnejší nepriateľ - maskovaný zloduch Marauder,...
Ash, Pikachu a jeho priatelia sa snažia zastaviť dvojicu zlodejov, ktorí sa skrývajú v kanáloch a uličkách Altomare, starodávneho vodného mesta. K dobrodružstvu sa pripoja aj dvaja noví legendárni Pokémoni, dvojica súrodencov menom Latias a Latios, ktorí slúžia ako strážcovia...
Ash, May, Brock a Max prichádzajú na festival Wishing Star of Seven Nights (Sedem nocí hviezdy želania). Počas toho, ako sa zabávajú, legendárny Pokémon Jirachi zostupuje z nebies a spriatelí sa s Maxom. Jirachi, ktorý má moc splniť akékoľvek želanie, je vyhľadávaný mnohými...
V obrovskej plážovej sídle sa Pikachu a niektorí z jeho kamarátov rozhodli hrať schovávačku. Pikachu sa preto vydáva hľadať svojich priateľov. Medzitým Larvitar, chorý z toho, že je úplne sám, v hneve kopne do skaly. Skala sa rúti vzduchom - a zasiahne kosačku, zapne ju a odošle...
Bratia Pichuovci, ktorí idú domov na vrchu vlaku, sa zrazu ocitnú vo vzduchu! Cestou z vlaku narazili na Wynauta a všetci traja idú do lesa. Keď začne pršať, skupina sa uchýli vo vodného mlynu - ale vodný mlyn sa začne hýbať! Nasledujúce ráno sa celá skupina rozhodne...
