Starodávna povesť sa naplní, keď sú Pokémoni Articuno, Zapdos a Moltres vyrušení zo stáročnej harmónie. Keď sú narušené samotné sily prírody, závisí život na zemi od nečakanej spolupráce legendárneho Pokémona Lugia a mystického vyvoleného, ktorý bol predpovedaný...
Ash, Misty a Tracey sa rozhodli zobrať všetkých svojich Pokémonov a vyraziť niekam. Počas spánku Togepi spadne zo strmého kopca a zmizne v diere. Za Togepi sa vyberú Pikachu, Bulbasaur, Squirtle, Marill, Venonat a Psyduck. Skončia na obrovskom strome, kde sa zdá, že v ňom predtým žil...
